Πολλά ερωτήματα και πολλές αμφιλεγόμενες απαντήσεις έχουν δοθεί σχετικά με τις πιέσεις που ασκήθηκαν στο παρασκήνιο για να επιτευχθεί η συμφωνία των Πρεσπών. Η κυβέρνηση αρνείται κατηγορηματικά κάθε ξένη εμπλοκή, ενώ Αμερικανοί αξιωματούχοι δηλώνουν δημόσια ότι συνέβαλαν στην επίτευξη της συμφωνίας.
Η αλήθεια είναι ότι η παρέμβαση των ΗΠΑ ήταν ολοκληρωτική, ενώ στο παρασκήνιο είναι γνωστό ότι καθοριστική εμπλοκή στην σύνταξη του τελικού κειμένου της συμφωνίας είχαν δύο εμπειρογνώμονες του ΟΗΕ, που όχι απλώς συνέβαλλαν καθοριστικά στην σύνταξη του κειμένου, αλλά επέβλεπαν και την πιστή εφαρμογή όσων ήθελαν οι ΗΠΑ να συμπεριληφθούν στην συμφωνία. Κυρίως όλα τα σχετικά με την μακεδονική ταυτότητα στηρίζοντας τα Σκόπια και το erga omnes, θέμα στο οποίο στήριξαν την Ελλάδα.
Με βάση έγκυρες πληροφορίες, στις 25 Μαίου στη Νέα Υόρκη ο προσωπικός απεσταλμένος του γγ του ΟΗΕ Μάθιου Νίμιτς «ανακοίνωσε» κατ ιδίαν στους Κοτζιά και Ντιμιτρόφ , ότι υπάρχει συμφωνία και συνέστησε στους δύο υπουργούς να μην διαφοροποιηθούν καθώς αυτή είναι η θέση και του Στέητ Ντηπάρτμεντ και του Λευκού Οίκου.
Δημόσια δεν ειπώθηκε το παραμικρό, αντίθετα δόθηκε η εντύπωση ότι οι διαφορές δεν είχαν γεφυρωθεί. Τρείς ημέρες αργότερα στις Βρυξέλλες συναντήθηκαν εκ νέου οι Κοτζιάς και Ντιμιτρόφ . Εκεί, αμέσως μετά την συνάντηση ο Έλληνας ΥΠΕΞ δήλωσε: «Οι δύο υπουργοί Εξωτερικών τελειώσαμε με ό,τι είχαμε αναλάβει από τους πρωθυπουργούς των δύο κρατών» . Πρόσθεσε μάλιστα ότι οι δύο πρωθυπουργοί, Αλέξης Τσίπρας και Ζόραν Ζάεφ, «θα μιλήσουν μεταξύ τους και θα καταλήξουν στην οριστική συμφωνία» .
Η ουσία είναι, σύμφωνα με τις ίδιες πηγές, ότι οι δύο πλευρές επέλεξαν τις Βρυξέλλες, για να ανακοινώσουν έμμεσα την επίτευξη συμφωνίας και όχι τη Νέα Υόρκη για να μην γίνει γνωστό ότι επιβλήθηκε ουσιαστικά από τους Αμερικανούς.
Μέχρι εκείνη την στιγμή όμως, δηλαδή μέχρι και την συνάντηση των Βρυξελλών , η συμφωνία σε μεγάλο βαθμό ήταν προφορική και δεν υπήρχε συμφωνημένο κείμενο.
Λίγες ημέρες αργότερα άρχισε στην Αθήνα η σύνταξη της συμφωνίας με βάση τα σημειώματα των δύο κυβερνήσεων. Στην σύνταξη του τελικού κειμένου πήραν μέρος σύμφωνα με τις ίδιες πηγές, δύο εμπειρογνώμονες του ΟΗΕ που ήρθαν ειδικά για τον σκοπό αυτό στην Αθήνα, Έλληνες νομικοί και μια Ολλανδή , νομική σύμβουλος της κυβέρνησης Ζάεφ. Η οποία παραλίγο να τινάξει στον αέρα την συμφωνία καθώς , μετά τις Βρυξέλλες έθεσε νέα ζητήματα στο τραπέζι, κυρίως επιδίωξε τη νόθευση του erga omnes. Παρενέβη τότε ο αντιπρόεδρος των ΗΠΑ Πέινς για να καθηλώσει τις αντιδράσεις και με προσωπικές του παρεμβάσεις προς Τσίπρα και Ζάεφ κλείδωσε η συμφωνία.
Η μακεδονική ταυτότητα, το μακεδονικό έθνος και η μακεδονική γλώσσα δεν μπήκαν ποτέ στο τραπέζι από ελληνικής πλευράς ως κόκκινη γραμμή, σύμφωνα με απολύτως έγκυρες πληροφορίες. Η διαπραγμάτευση επικεντρώθηκε κυρίως στην ονομασία και το εύρος της χρήσης της και στα υπόλοιπα, ενώ οι Αμερικανοί ήταν στην ίδια πλευρά με τα Σκόπια στο θέμα της ταυτότητας της γειτονικής χώρας.
Κάπως έτσι φθάσαμε στο τελευταίο τηλεφώνημα Τσίπρα –Ζάεφ και στην υπογραφή της συμφωνίας , λίγες ημέρες αργότερα, στις 17 Ιουνίου, στις Πρέσπες.
Αξίζει να σημειωθεί ότι το τελευταίο διάστημα διακινούνται πληροφορίες σύμφωνα με τις οποίες αν το αποτέλεσμα το δημοψηφίσματος είναι ισχυρό υπέρ του ΝΑΙ στην συμφωνία, να υπάρξει μετακίνηση ορισμένων βουλευτών του VMRO προς τον Ζάεφ. Δηλαδή , ένας αριθμός βουλευτών λιγότεροι από δέκα, να εξαγοραστούν ή να πιεστούν, ώστε να τροποποιηθεί το σύνταγμα άμεσα χωρίς δηλαδή να γίνουν εκλογές. Αν επιβεβαιωθεί αυτό το σενάριο που στηρίζουν δυναμικά όλες οι δυτικές χώρες, τότε η ελληνική κυβέρνηση θα κληθεί να φέρει την συμφωνία στη βουλή εντός του τρέχοντος έτους, γεγονός που εκ των πραγμάτων θα επαναφέρει στο προσκήνιο την στάση του Καμμένου.