Μεγάλη  διεθνή συζήτηση, προκάλεσε  η αναφορά το Πάπα στην «πρώτη γενοκτονία του 20ου αιώνα», τις σφαγές των Αρμενίων από τους Τούρκους πριν από έναν αιώνα, μια αναφορά που μας απασχολήσει με πολλούς τρόπους στο εξής.Η Τουρκία ανακάλεσε τον πρεσβευτή της στο Βατικανό για διαβουλεύσεις, σύμφωνα με ανακοίνωση του τουρκικού υπουργείου Εξωτερικών, ενώ είναι προφανές ότι η αναφορά του Πάπα δημιουργεί νέα δεδομένα. "Τον περασμένο αιώνα η ανθρώπινη μας οικογένεια βίωσε τρεις μαζικές και πρωτόγνωρες τραγωδίες. Η πρώτη, που ευρέως θεωρείται ως «η πρώτη γενοκτονία του 20ου αιώνα» έπληξε τον λαό σας των Αρμενίων» είπε ο ποντίφικας επικαλούμενος ένα έγγραφο που υπογράφθηκε το 2001 από τον πάπα Ιωάννη Παύλο B΄ και τον πατριάρχη της Αρμενικής Εκκλησίας.

«Οι άλλες δύο είναι εκείνες που διέπραξαν ο ναζισμός και ο σταλινισμός. Και πιο πρόσφατα άλλες μαζικές εκτελέσεις όπως εκείνες στην Καμπότζη, τη Ρουάντα, το Μπουρούντι, τη Βοσνία» πρόσθεσε. Οι αναφορές αυτές δεν είναι πολιτικά αθώες. Κάθε άλλο. Κάθε όνομα έχει την αξία του, κάθε καταδίκη έχει τον σκοπό της. Ο Πάπας εναντιώνεται μεν σε εγκλήματα που προκάλεσαν χώρες και πρόσωπα, ταυτίζει τον ναζισμό με τον σταλινισμό, αλλά η καταδίκη της Τουρκίας έχει ιδιαίτερη σημασία. Όχι γιατί η γενοκτονία δεν είναι πραγματικό γεγονός, αλλά γιατί το Βατικανό ξέρει πότε και για ποιο λόγο πρέπει να παρέμβει . Και όταν παρεμβαίνει έχει κάποιον στόχο. Ο υπουργός Εξωτερικών Μεβλούτ Τσαβουσογλου χαρακτήρισε "αβάσιμη" και "μακράν της ιστορικής πραγματικότητας" τη χρήση της λέξης "γενοκτονία". "Η δήλωση του πάπα, που είναι μακράν της νομικής και ιστορικής πραγματικότητας, δεν μπορεί να γίνει αποδεκτή", έγραψε ο Τούρκος υπουργός στον λογαριασμό του στο Twitter. Ο πάπας Φραγκίσκος φρόντισε πάντως να μην χρησιμοποιήσει ο ίδιος τη λέξη αλλά να επικαλεστεί τη γραπτή διακήρυξη του προκατόχου του. Το γεγονός ωστόσο είναι ότι για πρώτη φορά βγήκε ο όρος αυτός από τα χείλη ενός ποντίφικα και μάλιστα μέσα στη Βασιλική του Αγίου Πέτρου. Άποψη της Τουρκίας είναι ότι  επρόκειτο για έναν εμφύλιο πόλεμο που, σε συνδυασμό με τον λιμό που έπληττε τη χώρα, στοίχισε τη ζωή σε 300.000-500.000 Αρμένιους και ισάριθμους Τούρκους. Ωστόσο κανείς δεν έχει δει Τούρκους να εκτελούνται ή να απαγχονίζονται κατά  χιλιάδες και να ρίχνονται σε μαζικούς τάφους. Την άποψη της Τουρκίας δεν την συμμερίζεται καμία άλλη χώρα στον κόσμο, ούτε υπάρχουν ερευνητές που να συμφωνούν μαζί της.  Η δήλωση του πάπα ενδέχεται να περιπλέξει ακόμη περισσότερο τις σχέσεις του Βατικανού με την Τουρκία. Η επίσκεψή του στη χώρα αυτή, τον περασμένο Νοέμβριο, είχε καταλήξει σε διάλογο κωφών, καθώς ο Φραγκίσκος συνηγορούσε υπέρ μιας συμμαχίας των θρησκειών κατά της τρομοκρατίας ενώ οι τουρκικές αρχές επέμεναν σταθερά στην αποκήρυξη της ισλαμοφοβίας. Πιθανότατα όμως  η αναφορά του Πάπα , δεν είναι άσχετη με την  στήριξη που κατηγορείται ότι παρέχει η Άγκυρα στους Τζιχαντιστές, ούτε  με τις διακρίσεις που υφίστανται οι χριστιανοί στην περιοχή της Μέσης Ανατολής. Ίσως μάλιστα να είναι η αναφορά του Πάπα, προάγγελος μιας νέας πολιτικής αντιπαράθεση χριστιανών –μουσουλμάνων με έντονα θρησκευτικά  χαρακτηριστικά, έναν πόλεμο θρησκειών όπως πολλοί φοβούνται.