Εξοργισμένος με τους τακτικισμούς του Νίκου Κοτζιά ο πρωθυπουργός Αλέξης Τσίπρας έδωσε εντολή το πρωί της 17ης Οκτωβρίου στον υπουργό Επικρατείας Δημήτρη Τζανακόπουλο να καταστήσει σαφές ότι όποιος δυσφορεί μπορεί να κατέβει από το τρένο της κυβέρνησης. Ο κύβος για την απομάκρυνση του Κοτζιά από το υπουργείο Εξωτερικών είχε ήδη ριφθεί. Ο Κοτζιάς περίμενε απεγνωσμένα ένα τηλεφώνημα του πρωθυπουργού ή μια δήλωση στήριξής του που δεν έγινε ποτέ. Αντίθετα το πρωί της 17ης Οκτωβρίου στο Μέγαρο Μαξίμου επικρατούσε αναβρασμός με τις επιθετικές διαρροές του Κοτζιά περί μη κάλυψής του στο υπουργικό συμβούλιο και τις απειλές παραίτησής του. Σύμφωνα με απολύτως έγκυρες πηγές, ο κ. Τσίπρας μιλώντας σε συνεργάτες του δήλωσε απερίφραστα ότι «τελειώσαμε» με τον Κοτζιά αδιαφορώντας για τις διαρροές.
Ουσιαστικά , ο Κοτζιάς αποπέμφθηκε από την κυβέρνηση, απλά έδωσε στον πρώην ΥΠΕΞ το περιθώριο να παραιτηθεί τυπικά για να μην δραματοποιηθεί ακόμη περισσότερο η κατάσταση. Στην συνεδρίαση του υπουργικού συμβουλίου, αναφέρουν έγκυρες πηγές, ο πρωθυπουργός πήγε με ιδιαίτερα ισχυρή θέση ότι η ζωή της κυβέρνησης θα παρατείνονταν χωρίς σοβαρούς κλυδωνισμούς, γιατί αυτή ήταν η ανανεωμένη συμφωνία του με τον Πάνο Καμμένο, στο γεύμα τους στη Λέσχη Αξιωματικών. Όμως το κλίμα αυτό ανατράπηκε από την παρέμβαση Κοτζιά με την επίθεση κατά του Καμμένου. Ο πρώην υπουργός Εξωτερικών ήλπιζε, άγνωστο γιατί, ότι τόσο ο πρωθυπουργός, όσο και άλλοι υπουργοί θα τον στήριζαν και θα άδειαζαν τον Καμμένο. Έτσι θα αισθάνονταν δικαιωμένος και νικητής.
Συνέβη όμως ακριβώς το αντίθετο. Ούτε ο πρωθυπουργός, ούτε κανένα άλλο μέλος του υπουργικού συμβουλίου τον στήριξε. Έτσι, ηττημένος και σε δύσκολη θέση αποχώρησε από το υπουργικό συμβούλιο διαισθανόμενος ότι στην σύγκρουση Κοτζιά –Καμμένου ο πρωθυπουργός ήταν με τον Καμμένο. Όμως ο πρώην ΥΠΕΞ διατηρούσε μια μικρή ελπίδα ότι θα μπορούσε να διασωθεί έστω και με ένα ιδιωτικό τηλεφώνημα του πρωθυπουργού, το οποίο δεν έγινε ποτέ. Πρόκειται για ταπεινωτική αποπομπή του Κοτζιά , αλλά του δόθηκε η ευκαιρία να υποβάλλει παραίτηση .
Δεν ήταν η πρώτη φορά που ο Κοτζιάς απειλούσε με παραίτηση. Συχνά έστηνε σκηνικό έντασης και δεν διαψεύστηκαν ποτέ οι πληροφορίες που δημοσιεύονταν συχνά ότι απειλούσε με πτώση της κυβέρνησης , αν απομακρύνονταν σε κάποιο ανασχηματισμό , ενώ συχνά, σύμφωνα με πληροφορίες απειλούσε με παραίτηση με διάφορα προσχήματα. Τελικά εγκλωβισμένος στους συνεχείς και ακατανόητους τακτικισμούς του, οδηγήθηκε στην έξοδο με τον χειρότερο τρόπο.