Θετική χαρακτηρίζει  ο Νίκος Φίλης, την απόφαση της Ολομέλειας του ΣτΕ με την την οποία απορρίπτεται η αίτηση της Εκκλησίας της Ελλάδος που ζητούσε να ακυρωθεί το Προεδρικό Διάταγμα για τον Οργανισμό του Υπουργείου, Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, επειδή δεν περιλαμβάνει στην αποστολή του υπουργείου τη θρησκευτική αγωγή.

Ο βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ τονίζει στη δήλωσή του ότι η  απόφαση αυτή επιβεβαιώνει την ανάγκη η αρμοδιότητα για τα θρησκεύματα, να μεταφερθεί σε άλλο υπουργείο, π.χ. στο υπουργείο Εσωτερικών, όπως συμβαίνει σε όλες τις ευρωπαϊκές χώρες. Για τη μεταφορά αυτή χρειάζεται μόνο πολιτική βούληση.
Σύμφωνα με το Σύνταγμα,  τονίζει ο κ. Φίλης, η Παιδεία υπηρετεί τη βασική λειτουργία του κράτους η οποία εν τέλει αποσκοπεί στη διάπλαση ελεύθερων και υπεύθυνων πολιτών. Όπως δέχεται η απόφαση του ΣτΕ, αποστολή του υπουργείου Παιδείας μεταξύ άλλων είναι η προστασία της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης που τελεί υπό την εγγύηση της αρχής της ανεξιθρησκίας, όπως αυτή κατοχυρώνεται στο μη αναθεωρητέο άρθρο 13 παρ. 1 του Συντάγματος.
Το γεγονός ότι κατά τη συνταγματική αναθεώρηση, προβλήθηκαν μεσοβέζικες λύσεις και τελικά η ΝΔ επέβαλλε το ισχύον καθεστώς στις σχέσεις Κράτους - Εκκλησίας, δημιουργεί συγχύσεις και καθιστά έρμαιο των μεταβαλλόμενων συσχετισμών στο χώρο της Δικαιοσύνης κρίσιμα δικαιώματα των πολιτών, όπως αποδείχθηκε με την αντισυνταγματική απόφαση της Ολομέλειας του ΣτΕ για το μάθημα των Θρησκευτικών.
Πάντοτε, ωστόσο,  επισημαίνει ο Ν. Φίλης, ενεδρεύουν τα παραδικαστικά - παραθρησκευτικά κυκλώματα στο χώρο της Δικαιοσύνης, σε μια περίοδο μάλιστα που οι συντηρητικοί άνεμοι απειλούν δικαιώματα στην Ελλάδα και σε ολόκληρο τον κόσμο, προβάλλοντας ψευδεπίγραφα θέματα 'ταυτότητας'. Μόνο η ριζοσπαστική Αριστερά, σε συνεργασία με άλλες προοδευτικές ευαισθησίες, μπορεί να αποτελέσει ανάχωμα στον δικέφαλο ριζοσπαστισμό της Δεξιάς, στο νεοφιλελευθερισμό και τον θρησκόληπτο εθνικισμό».